בשיעור שנשא הבוקר מורינו הגה"צ הרב אליעזר ברלנד שליט"א אמר הרב: "רבי יהונתן אייבשיץ שהיו חל יום ההילולא שלו היה גלגול של נשמת יהונתן בן גרשון (נכדו של מנשה) שעבד עבודה זרה, ורבי יהונתן אייבשיץ ירד לגלגול בעולם הזה כדי לתקן את מה שעשה.
בכ"א אלול הוא יום פטירת רבי יהונתן אייבשיץ זצ"ל מגדולי פוסקי ההלכה בדורו שנפטר לפני 255 שנה בכ"א באלול ה'תקכ"ד
בשיעור שנשא הבוקר מורינו הגה"צ הרב אליעזר ברלנד שליט"א אמר הרב כי את רבי יהונתן אייבשיץ היו מי שהחרימו בשל עיסוקו בתורת הנסתר שאף כתב קמעות. הרב שליט"א אמר כי רבי יהונתן אייבשיץ זצ"ל היה גלגול של נשמת יהונתן בן גרשון (נכדו של מנשה) שעבד עבודה זרה, ורבי יהונתן אייבשיץ ירד לגלגול בעולם הזה כדי לתקן את מה שעשה.
מלבד ידיעתו הרבה בתורה, היו לו גם ידיעות בחכמות חיצוניות, והתחבב מאד על הרבה שרים ומלכים. ישנה מסורת על ויכוחים רבים שלו עם מלכים ואנשי כמורה נוצריים, שבהם הצטיין בתשובות פקחיות ומחודדות. ישנם סיפורים על נטייתו, עוד מילדות, לסוג כזה של תשובות. כך, למשל, מסופר עליו:
רבי יהונתן אייבשיץ כתב ספרים רבים כשהמוכרים שבהם היו הכרתי והפלתי על שולחן ערוך יורה דעה (אלטונה תקכ"ג) והאורים ותומים על שולחן ערוך חושן משפט, בשני חלקים (קרלסרוהה תקל"ה-תקל"ז). ספר זה שימש רבות את בעל נתיבות המשפט בחיבורו.
רבי יהונתן אייבשיץ כתב עשרות ספרים בנושאי הלכה, פרשנות, אגדה וקבלה, אך רק ספרו "כרתי ופלתי" נדפס בחייו (אלטונה תקכ"ג). בשנים שלאחר פטירתו נדפסו הספרים שהכין בעצמו לדפוס, ואחריהם במשך למעלה מ-250 השנים שחלפו מאז פטירתו נדפסו רוב כתביו, כתבים בודדים שלו ובעיקר רשימות מחידושיו שכתבו תלמידיו לא נדפסו, והם מתפרסמים מעת לעת בכתבי עת תורניים.
הרב ברלנד שליט"א על החרם על הרמח"ל ועל רבי יונתן אייבשייץ